Misato porta con sé Shinji e i suoi amici Tōji e Kensuke a bordo della nave ammiraglia che sta trasportando l'Unità 02 verso il Giappone. Il pilota dell'Eva è Asuka Sōryū Langley, ragazza di origini tedesche e dal carattere fiero. A scortare Asuka sulla nave c'è Ryōji Kaji, vecchia fiamma di Misato. Mentre la nave si trova ancora in viaggio nel mezzo dell'oceano, un Angelo acquatico, Gaghiel, attacca la flotta. Asuka d'impulso prende i comandi dell'Eva e parte all'attacco, coinvolgendo anche Shinji, che si ritrova assieme a lei all'interno della cabina di guida. L'Angelo però riesce a trascinarli sott'acqua, dove il mecha della ragazza risulta essere di molto limitato nelle azioni. Misato escogita allora un piano consistente nel lanciare due delle maggiori navi da guerra della flotta direttamente dentro la bocca del nemico per poi fare fuoco con i cannoni e colpirlo direttamente dall'interno. Distrutto il mostro, si scopre che durante l'azione i due coetanei hanno raggiunto un livello record di sincronizzazione reciproca. Arrivati in Giappone Ryōji consegna a Gendō l'embrione di Adam e Asuka si trasferisce nella classe di Shinji.
