La seconda base della Nerv situata in Nevada mette in atto un esperimento per installare un motore di tipo S² sulle due Unità Evangelion appena prodotte negli Stati Uniti d'America. Il nuovo propulsore sarebbe capace, secondo le ipotesi, di dare agli Eva un'illimitata quantità di energia. Il tentativo si risolve però in un fallimento e l'intera base salta in aria, con il conseguente annientamento di tutto quel che si trovava attorno, in un raggio di 89km. Preso dal panico dopo la tragedia, il governo degli Stati Uniti esige immediatamente che l'altro Eva presente sul proprio territorio, l'Unità 03 costruita in Massachusetts, venga fatto uscire al più presto dal suolo nazionale. Appena il nuovo Eva giunge a Neo Tokyo-3, Tōji viene informato del fatto di essere stato riconosciuto come il pilota più adatto per esso.
