Shinji, sconvolto dall'aver assistito al massacro dell'amico e alla conseguente indifferenza del padre Gendō, abbandona la Nerv per la seconda volta. Tuttavia mentre è in procinto di lasciare Neo Tokyo-3, appare l'Angelo Zeruel che sconfigge facilmente gli altri Evangelion. Dopo aver parlato con Kaji, Shinji torna al quartier generale in tempo per impedire l'invasione del nemico, e lo affronta a bordo dell'Unità 01. L'Angelo riesce a sopraffare il mecha e ad attaccare il nucleo dell'Eva mentre Shinji, impotente, supplica alla macchina di riavviarsi nonostante abbia esaurito la carica delle batterie. Inspiegabilmente l'Unità 01 va in modalità "berserk" e sconfigge l'Angelo. L'Evangelion poi dilania il corpo dell'avversario e se ne ciba, ingerendo l'Elemento S² dell'Angelo.
