Nel 2015, quindici anni dopo il primo disastroso contatto con degli esseri misteriosi conosciuti come Angeli, che ha portato ad un cataclisma globale denominato Second Impact, l'umanità viene nuovamente minacciata dall'attacco di questi esseri. Per difendere il genere umano, le Nazioni Unite hanno istituito l'agenzia speciale Nerv e ne ha affidato il comando a Gendō Ikari. Questi, insieme al personale della Nerv, ha sviluppato gli Evangelion, dei giganteschi umanoidi bio-meccanici giganti pilotabili da soggetti appositamente selezionati, tutti adolescenti orfani di madre. Shinji Ikari, il figlio del direttore abbandonato dieci anni prima all'epoca della morte della madre, è uno di questi e viene pertanto richiamato dal padre tramite il capitano Misato Katsuragi con lo scopo di fargli pilotare l'Eva-01. Nel frattempo, il terzo Angelo Sachiel attacca la città di Neo Tokyo-3 e le controffensive militari tradizionali non riescono ad arrestarlo. Inizialmente riottoso e pieno di rancore nei confronti di Gendō, Shinji si rifiuta di guidare il mezzo, ma la vista di Rei Ayanami, pilota dell'Unità 00 che sarebbe stata schierata al suo posto per la missione, ferita e agonizzante, lo convince ad affrontare l'Angelo.
