In seguito all'attacco mentale subito da Arael, Asuka sprofonda in uno stato di depressione e non riesce più a pilotare lo 02; per cui quando giunge il sedicesimo Angelo, Armisael, Rei è nuovamente chiamata ad affrontare il nemico. Nerv vorrebbe preservare l'Unità 01, ma quando l'Angelo tenta di fondersi con l'Unità 00 e di instaurare un contatto mentale con Rei, Gendō è costretto a dare l'ordine a Shinji di scendere in campo. Anche il ragazzo è sopraffatto dal nemico, ma per proteggerlo e distruggere al tempo stesso Armisael, Rei si fa autodistruggere insieme all'Eva. Shinji è devastato dal sacrificio dell'amica, ma di ritorno alla base della Nerv, ritrova Rei ancora in vita, incredibilmente sfuggita alla morte. Insospettita da questo nuovo mistero, Misato costringe con la forza Ritsuko a rivelare a lei e a Shinji la verità sulla Nerv. La ricercatrice li conduce dunque in una sala nascosta che accoglie tutti i resti dei vari prototipi di Evangelion e una vasca che contiene diversi cloni di Rei, tutti senz'anima.
