Appena prima dell'arrivo di Shinji alla Nerv, durante uno degli esperimenti di prova per testare l'affidabilità degli Evangelion, l'Unità 00 va improvvisamente fuori controllo, causando la totale distruzione della sala del test. Una volta disattivata, Gendō accorre subito in aiuto di Rei, rimasta priva di sensi all'interno dell'Entry Plug e nell'operazione si ustiona le mani e perde gli occhiali, che gli cadono a terra. Shinji, ventidue giorni dopo l'incidente, è incuriosito da Rei e dal rapporto che ha con suo padre Gendō. La dottoressa Ritsuko Akagi gli offre l'occasione di andare a trovarla per consegnarle il nuovo tesserino di riconoscimento che permette l'ingresso al quartier generale della Nerv. Una volta arrivato nel condominio della ragazza, Shinji suona alla porta, ma nessuno viene ad aprirgli. Scorgendo la porta aperta, decide di entrare e, quando nota lo stato di degrado in cui vive Rei, inizia a ripulire la stanza. Nel momento in cui si prova indosso il paio di occhiali che sono sulla scrivania però, Rei esce dalla doccia e gli strappa con decisione le lenti dal volto. Il giovane imbarazzato finisce per franarle addosso. In seguito ad un test di attivazione, viene avvistato un nuovo Angelo, Ramiel. Shinji tenta di bloccarlo a bordo dell'Eva 01, ma l'avversario lo colpisce con un potente raggio energetico.
