Misato è preoccupata perché Shinji non è ancora riuscito a legare con i suoi nuovi compagni di classe, sebbene siano già trascorse più di due settimane da quando ha iniziato a frequentare la prima scuola media comunale di Neo Tokyo-3. Un ragazzo di nome Tōji Suzuhara, appena venuto a sapere che è stato Shinji a pilotare l'Unità 01 nell'ultimo combattimento in cui sua sorella è stata ferita, gli si presenta davanti durante la ricreazione e gli sferra due pugni. Subito dopo viene data la notizia dell'imminente attacco di un nuovo Angelo, Shamshel. Shinji e Rei si dirigono alla Nerv per combatterlo. Intanto, Kensuke Aida convince Tōji ad uscire fuori dal bunker anti-Angelo per cercare di filmare la lotta, ma i due vengono coinvolti nello scontro e prontamente salvati da Shinji, che li fa salire a bordo dell'Evangelion. Qui assistono allo stress psicologico che procura la guida del mecha, mentre il loro compagno riesce ad infliggere un colpo mortale al nemico per poi scoppiare in lacrime.
