L'Unità 03, trasportata dagli Stati Uniti verso il Giappone per via aerea, viene infettata durante il volo da un Angelo microscopico che opera come batterio. Durante il test di sincronizzazione col pilota, l'Eva impazzisce e l'Angelo Bardiel ne assume il diretto controllo. Possedendo la potenza angelica e la forma di un Evangelion, l'Unità 03 distrugge tutto quel che le si para davanti ed avanza velocemente in direzione di Neo Tokyo-3. Tutti e tre gli Evangelion scendono in campo per affrontarlo ma, sia l'Unità 02 che l'Unità 00 vengono presto sconfitte. Pur senza sapere che intrappolato nell'Eva nemico c'è Tōji, Shinji si rifiuta d'attaccare senza prima aver provato a salvare il pilota. Gendō allora dà l'ordine di escludere il ragazzo dai controlli del mecha e di installare il pilota automatico grazie all'uso del Dummy Plug. L'Eva 01 attacca selvaggiamente Bardiel, facendolo a brandelli e frantumandone l'Entry Plug. Dopo la battaglia, il già emotivamente devastato Shinji rimane ancora più inorridito quando vede Tōji, gravemente ferito, uscire dalle macerie dell'Unità 03.
