Con il peggiorare dello stato depressivo di Asuka, che ormai ha perso la voglia di vivere, la Seele invia alla Nerv Kaworu Nagisa come pilota sostitutivo dell'Unità 02. Il ragazzo lega subito con Shinji e in poco tempo i due diventano amici. Tuttavia Kaworu si rivela presto essere l'ultimo Angelo Tabris, inviato dalla Seele per fondersi con Adam all'interno del Terminal Dogma e dare avvio in questo modo al Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo. Nella sua discesa verso il Terminal Dogma, Kaworu è intercettato da Shinji a bordo dell'Unità 01, ma volgendogli contro l'Eva 02, l'Angelo è in grado di proseguire e di accedere al cuore del quartier generale della Nerv. Kaworu apprende allora che l'Angelo custodito all'interno del Terminal Dogma è Lilith e non Adam, proprio mentre Shinji sconfigge il suo avversario. Arrendendosi all'evidenza dei fatti, Tabris chiede a Shinji di ucciderlo e di prevenire in questo modo la distruzione dell'umanità. Il ragazzo esita, ma alla fine lo elimina schiacciandolo nel pugno dell'Eva.
