Al culmine della battaglia contro l'Angelo Zeruel, Shinji ha ottenuto un rapporto di sincronizzazione del 400% con l'Unità 01, un livello reputato impossibile. Tuttavia a causa di ciò, il suo corpo si è fuso con l'Evangelion ed è diventato LCL all'interno dell'Entry Plug. Nel corso di trenta giorni Ritsuko tenta faticosamente di trovare un modo per far tornare indietro Shinji, senza ottenere risultati. Intanto la coscienza del ragazzo compie un viaggio introspettivo nel quale entra in contatto con l'anima della madre Yui. Dopo aver parlato con lei, Shinji "rinasce" dal nucleo dell'Eva. Più tardi quella sera Misato e Kaji riprendono la loro relazione andando a letto insieme, fatto che disturba e fa infuriare Ritsuko.
