La dottoressa Ritsuko Akagi, responsabile del Reparto Tecnologico della Nerv, viene invitata all'inaugurazione ufficiale del Jet Alone, il prototipo di un robot gigante alimentato ad energia nucleare e presentato come valida alternativa agli Evangelion da un'organizzazione concorrente della Nerv. A differenza delle unità Eva, che si basano su una batteria esterna e di uno speciale cavo di alimentazione chiamato Umbilical Cable, il Jet Alone contiene al proprio interno un reattore nucleare e può quindi funzionare indefinitamente senza alcuna altra alimentazione energetica proveniente dall'esterno. Tuttavia, durante la prima dimostrazione pubblica la macchina va fuori controllo, iniziando a marciare pericolosamente verso la città di Atsugi. Mentre l'Unità 01 arresta l'avanzata del mecha, Misato, a sprezzo della sua stessa vita, entra all'interno del robot e lo disinnesca. Qui scopre che il malfunzionamento del Jet Alone è stato in realtà un atto di sabotaggio.
