Quando um Anjo parecido com uma bobina de luz chega, Rei e Shinji são enviados para a batalha, mas a capacidade de assimilação do inimigo leva Rei a autodestruir o EVA-00 para matá-lo e salvar Shinji. Mistérios abundam quando um clone de Rei aparece mais tarde no hospital e Ritsuko revela o terrível segredo do "plug fictício" do sistema de Misato e Shinji.
