Zod sprider kaos i världen med Brainiacs datavirus. Clark lyckas fly ut ur Spökzonen med hjälp av en bekant till Jor-El, men flera andra fångar rymmer också. Clark stoppar Zod och viruset och befriar Lex från Zod. Han får en ny superkraft, superandedräkt, och kan nu blåsa upp kraftiga vindar. Under tiden Clark jagar upp de förrymda fångarna från Spökzonen kommer Lex Luthors ärkerival Oliver Queen (Green Arrow) till Metropolis och försöker utreda källan till "Svarta Torsdagen". Clark och Oliver blir snabbt vänner och börjar samarbeta. Lex bygger i hemlighet projektet 33.1, där han kidnappar människor med superkrafter och gör olika tester på dem. Clark slår sig ihop med Olivers "superhjältegrupp" (bestående av Arthur Curry/Aquaman, Bart Allen/Flash och Victor Stone/Cyborg) och stoppar 33.1. Lex har 33.1-fastigheter över hela världen, och Oliver och hans team lämnar Smallville för att förstöra dem. Lex lurar Lana till att gifta sig med honom och hon får reda på Clarks hemlighet, varpå hon iscensätter sin egen död. Clark och Lionel hittar till slut den sista fången från Spökzonen. Fången snor en bit av Clarks DNA, blir en kopia av honom och går under namnet Bizarro. Bizarro knockar Clark och flyger iväg.
