Kunskapskristallen landar i snön och bildar Ensamhetens fort, medan Clark påbörjar sin träning med Jor-El för att stoppa den kommande framtida ondskan. Två kryptonska lärjungar till General Zod anländer till Smallville för att leta upp Kal-El. Chloes mystiska försvinnande i Kawatche Cave och uppdykande på ett sjukhus i Yukon får Lex att bli mer misstänksam mot Clark. Clark förlorar sina krafter efter att ha brutit ett löfte han givit till Jor-El. Clark börjar på college och Chloe får jobb på Daily Planet. Jonathan och Lex deltar i Kansas senatsval, och efter en hård kamp går Jonathan som segrare ur striden. Lionel Luthor kallar Jonathan till Kents Farm, där de börjar slåss. Stressen över detta gör att Jonathans hjärtproblem kommer tillbaka, och efter att ha tagit sig ut på gården dör han i Clark och Marthas famn. Några studenter har skapat en drog som dödar brukaren en kort tid så denne kan träffa sina nära som dött. Clark råkar få i sig en dos och eftersom den innehåller grön kryptonit dör Clark, men med hjälp av den nyligen avlidna Jonathan Kent kommer Clark tillbaka till livet. General Zod återvänder från Spökzonen och tar över Lex Luthors kropp, och Clark hamnar själv i Spökzonen.
