Clark återvänder till jorden efter tre månader men är inte sig själv; han har blivit omprogrammerad av Jor-El för att hitta de tre "kraftstenarna". Lois Lane kommer till Smallville för att ta reda på vad som dödade hennes kusin Chloe. Istället möter hon Clark som har minnesförlust och tar honom till sjukhuset. Lana börjar undersöka grevinnan Margaret Isobel Thoreaux. Jonathan Kent ligger på sjukhuset i koma, samtidigt som Lionel Luthor inväntar sin rättegång. Clark besegrar Kal-El med svart kryptonit, och Jonathan vaknar upp ur koman. Clark bestämmer sig för att bara vara Clark Kent; han går med i rugbylaget och har en skakig relation med Lana. Clarks lyckas sätta ihop alla tre kraftstenarna; dessa bildar Kunskapskristallen som teleporterar honom till Arktis. Ett andra meteorregn träffar Smallville för med sig ett rymdskepp med den kryptonska superdatorn och Clarks framtida fiende, Brainiac. Clark blir förvirrad när han hamnar på Arktis och kastar iväg Kunskapskristallen.
