Året är 1986. Pojken Kal-El räddas från den ondskefulla General Zod och den korrupta superdatorn The Brain InterActive Constructs plan av sin far Jor-El. Krypton och alla dess invånare utom Kal-El utrotas, och pojken färdas mot jorden där han landar i staden Smallville 1989. Han blir funnen av bonden Jonathan Kent och hans fru Martha Kent, och blir adopterad av dem. 13 år senare bemästrar pojken supersnabbhet, superstyrka och osårbarhet, och går första året på gymnasiet. Han möter ständigt nya onda människor som blivit infekterade av kryptonit. Clark försöker samtidigt balansera sin vänskap med Pete Ross, Chloe Sullivan och Lana Lang. Lex Luthor återvänder till Smallville för att titta till en anläggning som ligger utanför byn som tillhör LuthorCorp. Efter att ha varit nära att drunkna räddas Lex av Clark, och de blir vänner. Lex blir nyfiken på Clark och meteorregnet och börjar undersöka det, vilket riskerar att avslöja vem Clark verkligen är. Clark räddar dagligen nya liv och Lanas pojkvän Whitney Fordman beger sig till militären. Clark lovar Whitney att han ska se efter Lana medan Whitney är borta, men under hemfärden fastnar Lana i en tornado.
