Nesmrteľný vládca otvoril portály do Podzemnej ríše napriek tomu, že výhra bojovníkov Zeme v Mortal Kombate mala zaručiť uzavretie portálu do ďalšieho turnaja. Tým, že boli otvorené brány, však došlo k splývaniu oboch svetov, k úplnému spojeniu má dôjsť za šesť dní a práve toľko času majú Liu Kang, Rayden, Sonja, Jax a Kitaua k nájdeniu riešenia. Tentoraz však nebudú bojovať v turnaji, ktorý má pravidlá, teraz sú vydaní napospas Shao Khanovým bojovníkom, ktorí urobia čokoľvek
