Snímka sa dejovo vracia ešte pred X-Men Origins: Wolverine z roku 2009. Príbeh tentoraz sleduje Charlesa Xaviera a Erika Lensherra ešte predtým, ako prijali mená Profesor X a Magneto. V tom čase bývali veľmi blízkymi priateľmi pracujúcimi na spoločnom projekte – zabrániť spolu s ďalšími mutantmi najhoršej hrozbe, akú kedy ľudstvo poznalo.