Второе отделение Nerv в пустыне Невада загадочным образом пропало во время эксперимента по установке S² двигателя. Вместе с лабораториями и аппаратами исчезли все работники комплекса, а также Евангелион-04, разрабатывавшийся там. После этого правительство США решает прекратить разработку почти законченной Евы-03 в первом отделении Nerv в штате Массачусетс и отправить её в Японию. Для пилотирования новой Евы избран Тодзи.
