아웃 월드의 황제인 샤오 칸(Shao Kahn: 브라이언 톰슨 분)은 아웃월드와 지구를 합병시켜서, 파멸시키려는 음모를 꾸민다. 모탈 컴뱃에서 류캉(Liu Kang: 로빈 쇼 분)과 선택된 파이터들이 이긴 후, '지구는 한 세대 동안 평화를 누려야한다'는 전 우주 세계의 이 신성한 규칙을 깨고, 샤오 칸은 아웃월드로부터 지구로 통하는 게이트를 열어 침략해온다. 이에 대항할 힘을 모으기 위해, 레이든(Rayden: 제임스 레마 분)은 류캉과 파이터들을 집합시킨다. 자신의 야욕을 채워줄 악의 파이터(인간이 아닌 무리들)들을 데리고 레이든 앞에 나타난 샤오 칸. 류캉은 샤오 칸에 맞서, 평화의 결정적인 열쇠를 가진 키타나 공주(Princess Kitana: 탈리사 소토 분)와 함께 그들의 소굴로 찾아간다. 그러나, 키타나 공주는 그들의 손에 빼앗기고 류캉은 그들의 함정에 걸려든다. 정신없이 일격을 가해 오는 샤오 칸 일당들은 마침내, 레이든을 죽이고 만다. 이에 분노한 파이터들은 류캉을 앞세우고, 6일 째의 마지막 전투에 임하게 된다. 키타나 공주는 샤오 칸의 일당으로 악의 화신이 되어 환생한 어머니와, 류캉은 샤오 칸과, 잭스(Jax: 린 레드 윌리암스 분)는 나이프울프(Nightwolf: 라이트풋 분)와, 소냐 블레이드(Sonya Blade: 산드라 헤스 분)는 몬타로(Motaro: 데론 맥비 분)와 각각 맞수가 되어, 목숨을 건 전투를 벌인다. 결국 샤오 칸은 신성한 규칙을 어긴 죄로 피를 흘리며 죽는 운명에 처하게 된다. 결국 지구는 악의 손길로부터 자유로워지고 신들로부터 다시 생명을 부여받은 레이든은 신의 자리에 오르게 된다.
