Kaname Chidori er din gennemsnitlige teen i det moderne Japan. I det mindste det er, hvad hun troede, før en dreng ved navn Souske Sagara begyndte at følge hende rundt, handler som en helt paranoid militær freak! Tingene begynder at blive forklaret, da hendes skole tur bliver kapret og taget til Nordkorea, hvor Kaname bliver kidnappet og fortalte, at hun er en hviskende. Den hviskende er genetiske anomalier, væsener født med enorme mængder af utroligt avanceret knowlegde matematik, videnskab og teknologi. Souske kommer til at redde hende, afslører, at han er en uddannet specialist i hemmelige militære organisation Mithril, svoret at beskytte verden og vogte den hviskende mod at blive misbrugt af terrorister. Nu med viden om, hvad hun er, og hvad Souske blev sendt til at gøre, kan hun gøre sin vej gennem gymnasiet i ét stykke?
