Оказва се, че Сара е жива. Ти-Бег, Белик и Сукре бягат от затвора Сона. Багуел тръгва на лична вендета срещу Скофийлд, а Белик, Махоун и Сукре са заловени. Майкъл също е заловен и му се дава право на избор, да работи за правителството или да излежи 15 години затвор. Така братята, заедно с Махоун, Сукре и Белик започват война срещу Компанията. Майкъл Скофийлд малко по малко разбира, че има тумор. Когато е на прага на смъртта самият Кранц му помага и Майкъл се възстановява. Оказва се, не само, че Сара е жива, но и майката на братята - Кристина Роуз Скофийлд. Тя издава тайната на Майкъл и тогава той разбира, че всъщност Линкълн не му е истински брат. Сара забременява от Майкъл.
