USA:s bortför i hemlighet en misstänkt terrorist från hans hemland i Mellanöstern. Det leder till en våg av terrorattacker i New York. En senioragent från FBI och hans team försöker lokalisera och avveckla fiendens celler, men måste också ta itu med en armégeneral som blivit skurk och en kvinnlig CIA-agent med osäkra lojaliteter.
