Colonia bygger på en sann historia och handlar om Lena och Daniel. De är ett ungt par som blir inblandade i militärkuppen i Chile 1973. Daniel blir bortförd av Pinochets hemliga polis, och Lena spårar honom till Colonia Dignidad. Invånarna i Colonia Dignidad utger sig för att vara missionärer som leds av Paul Schäfer, men i själva verket är det en plats som ingen någonsin har flytt ifrån. Lena bestämmer sig för att gå med i den mystiska sekten för att hitta Daniel.
