Seriál sa odohráva v dobe, kedy na svete existujú vedľa seba ľudia a mutanti. A keďže mutanti nie sú veľmi obľúbení, musia sa skrývať medzi ľuďmi tak, ako im to ich schopnosti dovolia. Ale aj medzi mutantami sa nájdu takí, ktorí sa nedokážu zmieriť s tým, že by sa mali práve oni skrývať pred niekým slabším. A preto vznikne skupina mutantov pod názvom X-men, ktorí sa snažia bojovať proti nepriateľským mutantom a takisto proti aktivistom, označujúcich sa za ochrancov ľudstva.
