O bytí a nebytí našej guľatej planéty samozrejme pôjde aj tentokrát. Nepriateľ korytnačiek číslo jeden, krutý Asiat prezývaný Trhač, práve zdrhol z vezenia, kde mal dosť času na to, aby vymyslel plán, ktorým by so zelenými mutantmi zrovnal skóre. Kvôli jeho realizácii sa spoja so šialeným vedcom Baxterem Stockmanem, ktorý vyvinul špeciálny mutagén schopný premeniť človeka na zviera. Prvými dvoma pokusnými králikmi sa stanú Bebop a Rocksteady. Predtým boli dvomi ošklivými chlapmi, teraz sú z nich ohavný kanec a škaredý nosorožec. Obaja sa samozrejme okamžite pustia po stope korytnačiek, ktoré im idú naproti. Čoskoro ale majú korytnačky úplne iné starosti, pretože do zástupu nepriateľov sa pridá zástupca veľmi naštvanej mimozemskej civilizácie, ktorý si hovorí Krang. V boji proti zlu sa na stranu zelených korytnačiek postaví aj osvedčená reportérka April O´Neillová a mladý rebel Casey Jones, ktorý to s hokejkou a pukem vie.
