Наконец Ева-00 была отремонтирована, Синдзи пытается получше узнать загадочного пилота Евы-00, Рей Аянами, но выясняет, что она очень замкнутая, у неё нет друзей, а все записи о её прошлом были стёрты. В это же время прибывает новый мощный Ангел Рамиил, летающий монолит, который нападает на Токио-3.
