A temporada é truncada devido à gravidez e à licença-maternidade de Emily Deschanel. Originalmente, seis episódios foram agendados para o ar em 2011 antes que a série entrou em hiato, mas o sexto episódio foi adiada para 12 de janeiro de 2012, com a série vai então em hiato até a primavera. A temporada começa uns meses depois do final da temporada anterior com Brennan em seu terceiro trimestre. A temporada também introduz um novo antagonista recorrente, cuja pessoa o produtor executivo Stephen Nathan descreve como "inimigo tecnológico fora do século 21" em comparação com os antagonistas recorrentes das temporadas anteriores. Os seis primeiros episódios também lidam com Booth e Brennan se preparando para criar sua filha.
