A segunda temporada começa com um assassinato que aponta para o pai desaparecido de Brennan e com o fato de que a equipe forense do Jeffersonian ganhou uma nova chefe, Camille Saroyan. Durante a temporada, Brennan, junto com seus amigos do Jeffersonian, descobrem que seus pais eram assaltantes de bancos famosos e o pai de Brennan é preso. No início, Brennan é hostil com seu pai, mas recupera a amizade com ele e com seu irmão, Russ. Nesta temporada, são encontrados restos mortais de duas crianças que haviam sido enterradas vivas. Conforme as investigações ocorrem, descobre-se que o assassino é um serial killer que se auto-denomina O Coveiro, cujo Modus Operandi consiste em enterrar as vítimas vivas e exigir por uma quantia altíssima em dinheiro (caso seja paga, O Coveiro dá a localização do local onde a pessoa está enterrada, caso contrário, a pessoa nunca será achada e morrerá). Brennan e Hodgins são sequestrados e por pouco não morrem, pois conseguem escapar, mas não sem traumas, já que Hodgins tem sua perna ferida, devido ao Coveiro o atropelar quando ele vê Brennan no chão ao pé do seu carro e corre para ela. O caso do Coveiro começa a ser analisado pela promotora Heather Taffet. Nesta temporada, Angela e Hodgins iniciam um namoro.
