Anos após os eventos da Megazone 23 II, a única cidade da Terra é Éden, que supostamente é um lugar idílico. Ali vive Eiji Takanaka, um hacker de nível B que acaba de ser aceito no EX, a organização que controla Éden. No entanto, antes do seu primeiro dia de trabalho, ele envolve-se numa guerra de redes, uma figura lendária chamada EVE e um plano para re-habitar a Terra.
