Dwaj agenci z zupełnie różnych środowisk łączą siły, by rozwiązać sprawy, które FBI nazwało Archiwum X, dotyczące zjawisk paranormalnych i niewyjaśnionych. Obaj są zdeterminowani, by odkryć ukryte prawdy - jeden szuka odpowiedzi z innego świata, drugi szuka bardziej ziemskich, naukowych wyjaśnień. Razem dokonają odkryć, o których nikt z nich nigdy by nie pomyślał.
