서기 2265년, 과거 은하함선 엔터프라이즈호의 선장이었던 커크선장은 30년만에 엔터프라이즈호의 명예선장 자격으로 승선한다. 엔터프라이즈호는 항해 중, 원인을 알 수 없는 에너지 띠를 만나 폭발 직전에 처해있는 함선으로부터 다급한 조난 신호를 받는다. 경험이 풍부한 커크선장은 어쩔 줄 몰라하는 새로운 선장을 돕다 결국 수많은 인명을 살리는 대신 숨을 거두게 된다. 그로부터 80년 후, 첨단기술로 훨씬 막강해진 엔터프라이즈호는 과거 커크선장 앞에 나타났던 에너지 띠를 만나 또다시 위험에 처하게 되는데...새 엔터프라이즈호의 `피카드 선장`은 신비의 여자 `가이넌`을 통해 닥터 쏘란이 우주이데아 `넥서스`로 가고싶어 에너지 띠를 만들려 한다는 것을 알게 된다. 행성하나가 파괴될 때나 생기는 엄청난 열과 힘의 에너지 때- 감히, 닥터 쏘란은 수백억의 생명이 살고 있는 행성을 파괴하려는 무모한 작전을 감행하는데...
