La prima stagione inizia dove sono stati interrotti i "Marvel's The Avengers". È appena dopo la battaglia di New York, e ora che l'esistenza di supereroi e alieni è diventata di dominio pubblico, il mondo sta cercando di fare i conti con questa nuova realtà. L'agente Phil Coulson è tornato in azione e ora ha messo gli occhi su un misterioso gruppo chiamato The Rising Tide. Al fine di rintracciare questo nemico invisibile e sconosciuto, ha riunito un piccolo gruppo altamente selezionato di agenti dall'organizzazione mondiale di polizia nota come S.H.I.E.L.D.
