Az évad reggel 6-kor indul, és másnap reggel hatig tart. Jacket két éven keresztül tartják fogva és kínozzák egy kínai börtönben, ahonnan David Palmer öccse, a jelenlegi amerikai elnök, Wayne Palmer erőfeszítéseinek eredményeként engedik el. Amerika tizenegy hete folyamatos terror-támadások alatt áll, és a kormány Jacket tervezi elcserélni a támadások mögött álló személy tartózkodási helyéért cserébe. Idővel Jack családja is az események részévé válik, s az Egyesült Államoknak minden eddiginél aggasztóbb atomtámadásokkal kell szembenéznie. Az évad végén feltűnik a halottnak hitt Audrey Raines is.
