Az istenek háborúja idején járunk, és a Föld, illetve főként az emberiség teljesen leamortizálódott. Emellett még más fajok is vadásznak a megmaradtakra. Ilyen sötét időkben próbál túlélni Riku és kicsiny kolóniája. Egyszer egy egyszemélyes akció során belefut egy ex-machinába. Rövidesen kiderül, hogy ezen gép nem ártó szándékkal lépett kapcsolatba Rikuval, hanem kutató jellegű célzattal. Egy játék során, melyben Riku veszt, eldöntődik, hogy hazaviszi majd a kolóniájához. Rövidesen összemelegednek és eldöntik, hogy a céljuk, hogy véget vessenek a háborúnak, és ezentúl ezen fognak ügyködni. Ezentúl érzelmekkel, igazságtalanságokkal, megpróbáltatásokkal és rengeteg szenvedéssel fognak megküzdeni.
