La cuarta temporada de Smallville inicia el 22 de septiembre de 2004, y culmina el 18 de mayo de 2005. Consta de 22 episodios. Lois Lane llega a Smallville para investigar quién es el responsable de la muerte de su prima Chloe y encuentra a Clark con amnesia y desnudo en el campo luego de que un rayo los impactara. Clark está a punto de iniciar una "cruzada" bajo el control de Jor-El, pero Martha frustra sus planes y Jonathan despierta del coma. Lois y Clark descubren que Chloe está viva y la rescatan. Esta temporada trata principalmente sobre la búsqueda de las misteriosas Tres Piedras de Poder y el regreso de Lana después de un suceso en París, y con un nuevo novio, Jason Teague. Debido al crimen de matar a sus padres, Lionel acaba preso, pero luego es liberado por Genevieve Teague, la ambiciosa madre de Jason; Lex continua en disyuntiva sobre su verdadera personalidad.
