La tercera temporada de Smallville comienza el 1 de octubre de 2003 y termina el 19 de mayo de 2004. Consta de 22 episodios. Clark continúa en Metrópolis con el anillo de Kriptonita Roja, cometiendo crímenes y maldades. Jonathan obtiene poderes similares a los de Clark con la ayuda de Jor-El, y lo devuelve a Smallville, mientras que Lex estuvo exiliado en una isla desierta luego de explotar el jet en su viaje de luna de miel; luego es rescatado. Durante esta temporada, vemos momentos de tensión entre Clark y Lana, ya que ella le considera una persona muy complicada. Pete se encuentra en controversia por la responsabilidad de guardar el secreto de su amigo y Chloe se siente presionada por Lionel por no revelarle situaciones inusuales acerca de Clark. Después de cuestiones complicadas, como la aparición de otros afectados por la kriptonita y de un misterioso hombre llamado Adam Knight, Lana, cansada de los secretos de Clark, decide irse a París, Francia.
