En el año 70 de la era cósmica, la colonia espacial de Junius 7 es destruida por un ataque nuclear. Es así como empieza la guerra entre ZAFT (Zodiac Alliance for Fredom Treaty) un ejercito compuesto por los habitantes de las colonias, conocidos como coordinadores, humanos mejorados genéticamente, siendo más fuertes e inteligentes; y la alianza terrestre. Un año después los naturales, humanos sin modificaciones genéticas, inician la creación de Mobile Suits capaces de vencer a los Mobiles Suits de ZAFT, sin embargo son descubiertos. Kira un joven coordinador que vive en una colonia espacial de la nación neutral de ORB, vive la invasión y destrucción de su hogar por parte de ZAFT y descubriendo que su mejor amigo de la infancia, Athrun, se convirtió en un soldado de ZAFT. Kira decide proteger a sus amigos piloteando el Gundam, sin embargo eso significaría una cosa: tendrá que pelear contra los coordinadores, entre los cuales se encuentra Athrun.
