Εκτός από τον διπλασιασμό της διάρκειας κάθε επεισοδίου, το The New Scooby-Doo Movies διέφερε από τον προκάτοχό του στην προσθήκη ενός εναλλασσόμενου ειδικού καλεσμένου σταρ, κάθε επεισόδιο παρουσίαζε διασημότητες της πραγματικής ζωής ή γνωστούς φανταστικούς χαρακτήρες που συμμετείχαν στο Mystery, Inc. στην επίλυση του μυστηρίου της εβδομάδας. Ορισμένα επεισόδια, ιδίως τα επεισόδια στα οποία φιλοξενούνταν οι χαρακτήρες από την Οικογένεια Addams, τον Batman και τη Jeannie, παρέκκλιναν από την καθιερωμένη μορφή του Scooby-Doo, που παρουσίαζε εγκληματίες μεταμφιεσμένους σε υπερφυσικά όντα, εισάγοντας στην πλοκή πραγματικά φαντάσματα, μάγισσες, τέρατα και άλλους τέτοιους χαρακτήρες.
