Μια κρυφή ζωολογική ομάδα, παρακολουθεί από κοντά την εξέλιξη και τη δράση μυθικών πλασμάτων που ζουν στο βυθό της θάλασσας. Ανάμεσα σε αυτά, είναι ο Godzilla που θα βρεθεί για άλλη μια φορά και πάλι υπέρ της ανθρωπότητας, καθώς θα αντιμετωπίσει τέρατα όπως τους Mothra, Rodan αλλά και την απόλυτη νέμεση του, τον τρικέφαλο βασιλιά Ghidorah. Οι μάχες του θα παίξουν θεμελιώδη ρόλο στην ισορροπία του πλανήτη και το μέλλον της ανθρώπινης ύπαρξης.
