Yugi und der Pharaoh sind wieder vereint, doch ohne das Millenniumspuzzle besitzt der Pharaoh keine Macht mehr. Dennoch lässt er sich nicht davon abhalten, eine letzte Schlacht gegen Bakura zu schlagen. Er macht sich auf den Weg zum Dorf des notorischen Räuberkönigs und trifft dort auf unheimliche tote Geister, die zu allem bereit scheinen. Yugi und seine Freunde verfolgen währenddessen ihre eigenen Mission die Welt zu retten. Doch ihnen ist nicht klar, dass ihre Reise direkt ins Verderben zu führen droht.
