Efter kæresten Jean Grey's død har X-Men-superhelten Logan aka Wolverine gemt sig langt ude i Canadas vildmark. Men han bliver opsøgt af en japansk kvinde, der lokker ham med til Japan, hvor den rige forretningsmand, Lord Yashida, gerne vil takke Logan for at have reddet hans liv for mange år siden. Mens Logan er i Japan, forsøger nogen at dræbe Yashidas barnebarn Mariko, og Logan redder hende. Nu bliver han involveret i et japansk opgør, der involverer gamle klaner, mutanter og yakuza-gangstere.
