Organizace spojených národů zřizuje v roce 1992 tzv. Centrum Obrany (UNGCC), které má za úkol zastavit Gojiru jednou provždy. Podaří se jim vytáhnout z moře pozůstatky Mecha-Kinga Ghidoraha a vytvoří z něj dva nové stroje. Tím prvním je létající bojový člun Garuda, druhým Mekagojira. O dva roky později tým japonských vědců přijíždí na ostrov Adona v Beringově moři, kde naleznou velké vejce. Předpokládají, že se jedná o vejce pteranodona a odvezou je do výzkumného centra v Kjótu. Vejce ovšem dokáže vyvolávat telepatický signál, který přitáhne pozornost jak Rodana, tak i Gojiry. Oba totiž touží po obsahu vejce. Při cestě začnou ničit vše, co jim přijde do cesty. UNGCC musí urychleně povolat do zbraně Mekagojiru i Garudu jinak z Kjóta zbydou jen samé trosky.
